1.发病时间比较长，一般3--5年甚至更长不等，病情时间越长治疗时间也会越长，同时也给治疗带来更大的困难。
2.肛管尖锐湿疣患者大部分是心理因素扭曲，对异性十分反感，只接受同性之间生殖器官与肛管爱抚，一边治疗一边仍然保持同性之间特殊的性关系，造成反复多次感染，
3.肛管尖锐湿疣感染发病比较隐蔽;一旦自己感觉肛门不适或者出血已经是患病几个月或者一年之久 了，肛管已经广泛长出族状、菜花状、葡萄状或者巨大疣体了。
4.许多临床医生和患者对肛管与直肠解剖关系不清楚，认知简单，容易与肛管其他常见病如：内、外痔疮、息肉、肛瘘、结核、类癌、直肠癌等混淆，没有加以重视。由于直肠肛管局部组织结构和粘膜的特殊关系，尖锐湿疣的发病部位大多数是位于齿状线上2~4cm不等，而且这里的毛细血管丰富，血液循环较快;局部粘膜分泌肠液似泉水一样旺盛，局部病灶处给药吸收非常之快;其次感染HPV病毒或者疣体的粘膜局部给药的浓度很快被分泌的肠液稀释与冲走，在病变组织处停留时间短暂，得不到杀死分解病毒目的。
5.许多肛管尖锐湿疣病人治疗方案不对头方法不当。有病乱投医，多种方法都试着治疗，没有制定正确的治疗方案，不能对症下药从而达不到预期效果。
6.有一部分病人一旦诊断明确后非常害怕，精神负担过重不能和父母、家人、朋友之间沟通，心理压力非常大影响工作、学习、食欲、睡眠等;长期以往造成自身免疫功能低下也是影响治疗效果的因素之一，
7.还有一部分病人因为诸多因素和生活习惯、家庭歧视等不能按时、正确、密切配合医生的治疗、长时间断断续续性用药等也是得不到治愈目的。